Né à Zacatecas, dans le centre du Mexique, le 28 novembre 1866, il entra au séminaire en 1887, fut ordonné prêtre le 26 juillet 1896, et fut pendant de nombreuses années curé à Matatlan, à l’est de Guadalajara. Prêtre très pieux et charitable, il était tout dévoué à ses paroissiens.

Quand fut adopté la loi Calles, et qu’en réaction les évêques mexicains suspendirent le culte public, en 1926, il continua d’exercer son ministère clandestinement à Zapotlanejo, petit bourg lui aussi à l’est de Guadalajara.

Mais un vieil ami et paroissien le dénonça aux autorités, ce qui entraîna son arrestation le 18 juin 1927. Après trois jours de torture, il fut traîné le 21 juin au cimetière de Zapotlanejo : des soldats lui passèrent une corde autour du cou et firent mine de le pendre à plusieurs reprises, relâchant la pression au dernier moment à chaque fois pour le laisser reprendre son souffle.

Fatigué par ce jeu macabre, le chef de la troupe ordonna à un soldat de fusiller le prêtre ; le soldat, reconnaissant celui qui l’avait baptisé, refusa. Menacé lui aussi de mort, il répondit : « Je ne le ferai pas, je préfère mourir avec mon parrain. » Il fut abattu sur-le-champ.

Les soldats voulurent ensuite fusiller Joseph, mais leurs armes s’enrayèrent ; ils finirent par l’égorger. Joseph Isabel Flores Varela fut canonisé par Jean-Paul II le 21 mai 2000, en compagnie de plusieurs autres martyrs mexicains, dont saint Cristóbal Magallanes.