Né le 30 juillet 1869, à Totatiche, au nord de Guadalajara, au Mexique, fils d’agriculteurs, il entra au séminaire de Guadalajara à l’âge de 19 ans. Ordonné prêtre en 1899, il fut d’abord aumônier d’une école à Guadalajara, avant d’être nommé curé de sa ville natale, où il contribua à l’évangélisation des peuples indigènes.

En 1914, des décrets de persécution de l’Eglise furent pris par le gouvernement, qui entraînèrent notamment la fermeture du séminaire de Guadalajara. Cristóbal ouvrit alors, avec l’accord de son évêque, un séminaire clandestin dans sa paroisse en juillet 1915, qui accueillit rapidement dix-sept séminaristes.

Le Mexique connut ensuite une période de grande persécution. La Constitution de 1917, destinée à réduire considérablement l’influence de l’Eglise dans le pays, suscita une opposition pacifique. Mais la loi Calles, du 1er août 1926, entraîna par réaction la suspension du culte public par les évêques et la révolte des Cristeros.

Bien que s’étant opposé à la révolte armée, Cristóbal Magallanes fut arrêté alors qu’il se rendait dans une ferme pour y célébrer la messe. Ayant donné ses quelques biens à ses bourreaux, il leur adressa ces paroles : « Je meurs innocent et je demande à Dieu que mon sang serve à unir mes frères mexicains. » Il fut exécuté le 25 mai 1927, en compagnie d’un de ses disciples, le père Augustin Caloca, qui déclara quant à lui : « Nous vivons pour Dieu et pour Lui nous mourrons. »

Ils furent tous deux canonisés par Jean-Paul II le 21 mai 2000, avec 23 autres martyrs mexicains de la guerre des Cristeros : « Ils n’abandonnèrent pas le courageux exercice de leur ministère lorsque la persécution religieuse s’accrut sur la terre mexicaine bien-aimée, déchaînant la haine contre la religion catholique. Tous acceptèrent librement et sereinement le martyre comme témoignage de leur propre foi, pardonnant de façon explicite à leurs persécuteurs. Fidèles à Dieu et à la foi catholique enracinée dans les communautés ecclésiales qu’ils servaient, promouvant également leur bien-être matériel, ils sont aujourd’hui un exemple pour toute l’Eglise et pour la société mexicaine en particulier. »