Né vers 635 à Rome, il fut éduqué à la Schola cantorum, qui formait les chantres du pape ; il fut ensuite ordonné prêtre. Elu pape en 683, après la mort de saint Léon II, il ne put toutefois accéder au souverain pontificat que le 26 juin 684 : il attendait en effet que son élection fût confirmée par l’empereur Constantin IV, ce qui prit un certain temps puisque ce dernier résidait à Constantinople.

Monté sur le trône de Pierre, le pape obtint de l’empereur que la confirmation de son élection revînt désormais à l’exarque de Ravenne afin de raccourcir les délais. Cette modification avait une autre importance : l’exarque étant faible politiquement, l’Eglise ne courait plus le risque d’une remise en cause de l’élection. Toujours dans le domaine politique, le pontife renforça sa position en présidant toutes les cérémonies civiles à Rome.

Benoît II fut aussi particulièrement attentif aux besoins des pauvres. Soucieux de préserver la doctrine, il lutta contre l’hérésie monothéliste et imposa aux évêques les décrets pris en ce sens par le concile de Constantinople III. Il mourut à Rome le 8 mai 685.