Il naquit à Sérignan, dans l’Hérault, vers 1590, dans une famille aisée. Orphelin de mère à l’âge de 12 ans, c’est à la même époque qu’il commença d’étudier chez les jésuites à Béziers. A 15 ans, décidé à entrer dans l’ordre dominicain, il partit à Toulouse pour y étudier la théologie et la philosophie. Il fut admis au noviciat dominicain d’Albi en 1607.

Ordonné prêtre en 1614, il passa les années qui suivirent à enseigner à Toulouse et à Bordeaux et acquit une réputation de grand érudit. En 1624, il fut nommé prieur du couvent dominicain d’Avignon ; deux ans plus tard, il devint commissaire de l’ordre pour l’Europe du Nord avec pour mission particulière de propager la réforme de Sébastien Michaëlis. A cette époque, il fit part à ses supérieurs de son désir d’être envoyé comme missionnaire dans des pays païens.

Afin qu’il puisse partir comme missionnaire, ses supérieurs l’envoyèrent chez les dominicains de Madrid, où il prit le nom de Padre Tomas de Santo Domingo. Pendant plusieurs années, il s’y prépara à sa mission, tout en enseignant la théologie. A la fin de l’année 1634, il fut enfin autorisé à s’embarquer pour le Japon, via le Mexique et les Philippines ; il arriva à Manille le 24 juin 1635.

Le 10 juillet 1636, il débarqua enfin au Japon, où les chrétiens subissaient de violentes persécutions. Il exerça son ministère clandestinement pendant à peine plus d’un mois, avant d’être arrêté par les autorités et emprisonné. Au bout d’un an, il fut transféré vers Nagasaki pour y être jugé ; durant le voyage, qui dura deux semaines, il fut torturé très violemment, mais refusa d’apostasier.

Vers le 28 septembre 1637, après avoir été laissé plusieurs jours dans une fosse, Guillaume Courtet fut décapité, dans les environs de Nagasaki. Il fut canonisé par Jean-Paul II le 18 octobre 1987, dans un groupe de 16 martyrs.