Né vers 344, sa grande éloquence le destinait au barreau. Il demanda le baptême vers l’âge de 24 ans et serait devenu moine s’il n’avait craint d’abandonner sa mère veuve. A la mort de celle-ci, en 374, il se retira dans les montagnes où il vécut en cénobite puis en anachorète. Il revint à Antioche en 380 et fut ordonné prêtre en 386 ; il fut dès lors un remarquable prédicateur (Chrysostome signifie « bouche d’or ») et écrivit un grand nombre de traités.
En 397, à la mort de l’archevêque de Constantinople, Jean fut choisi pour lui succéder. Il s’attaqua aux mœurs licencieuses des habitants de cette ville et fut un infatigable défenseur de la vérité contre les hérétiques, les juifs et les païens. Ne craignant pas de s’opposer à l’empereur, il fut aussi un pasteur plein de bonté pour les miséreux, soutenant « le primat de chaque chrétien, de la personne en tant que telle, également de l’esclave ou du pauvre » (Benoît XVI) : « Si vous ne parvenez pas à trouver le Christ dans ce mendiant qui est à la porte de l’église, alors vous ne Le trouverez pas non plus dans le calice. »
Sa foi inébranlable lui valut plusieurs exils à partir de 403, et il mourut le 14 septembre 407 des mauvais traitements qui lui avaient été infligés. Selon le pape Benoît XVI, « il considérait comme le but ultime de son existence cette gloire de Dieu, que – désormais mourant – il laissa comme dernier testament : “Gloire à Dieu pour tout !” ».
Saint Jean Chrysostome fut officiellement reconnu comme Docteur de l’Eglise au concile de Chalcédoine en 451. Le pape saint Pie X l’a déclaré patron des prédicateurs.