Il naquit au milieu du VIe siècle, à Autun, dans une famille noble qui comptait plusieurs ecclésiastiques de haut rang. Sa vocation religieuse est attestée vers 558. Diacre vers 586, il fut nommé archevêque de Vienne en 595.

Le Royaume burgonde était alors dirigé par Brunehaut, connue pour ses mœurs scandaleuses et se manipulations politiques, qui exerçait la régence pour le compte de son petit-fils Thierry. Didier ne manquait pas, soutenu par le pape saint Grégoire le Grand, de reprocher à la reine sa conduite. Il fut déposé et banni en 603, après une fausse accusation de viol, mais fut rappelé par Brunehaut en 607.

Comme il ne cessait d’admonester la reine, Didier fut arrêté sur son ordre dans sa cathédrale par trois soldats qui le tuèrent à coups de pierres, un 23 mai, entre 608 et 611.