De son nom complet Juan Gonzalez de Castrillo Martinez de Sahagún y Cea, il naquit vers 1430 à Sahagún, ville du nord de l’Espagne tenant son nom d’une abbaye bénédictine dédiée à saint Facond. C’est dans cette même abbaye qu’il fit ses études et reçut les ordres mineurs, avant d’être ordonné prêtre à Burgos en 1445 et nommé chanoine de la cathédrale.

Cumulant un certain nombre de fonctions, il démissionna de la plupart d’entre-elles, ne conservant qu’une paroisse d’un quartier pauvre, où il prêchait aux pauvres et pratiquait l’ascèse et la mortification.

En 1456, il se rendit à l’université de Salamanque, pour y étudier plus profondément la théologie et le droit canonique, et fut diplômé dans ces deux domaines. Il devint un prédicateur fameux. A cette époque, il fut gravement malade, et dut être opéré pour se faire retirer des calculs rénaux. Il promit de devenir religieux régulier s’il en réchappait.

Après sa guérison, en 1463, il fut admis au couvent des ermites Augustins de Salamanque ; il fit sa profession de vœux solennels le 28 août 1464. Ayant une grande dévotion au Saint-Sacrement, il eut de nombreuses extases en célébrant la messe et pouvait voir les secrets de la conscience. Il fut d’abord prédicateur, puis maître des novices, et enfin prieur à partir de 1471.

De son vivant, Jean réalisa des miracles, et la sainteté de sa vie fut un exemple de vertu pour tous ceux qui le côtoyèrent. En 1479, sa santé se détériora, et il mourut le 11 juin de cette même année, à Salamanque. De nombreux miracles ayant été obtenus par son intercession, il fut canonisé par Alexandre VIII le 16 octobre 1690.