Il naquit à Samosate, dans le sud-est de l’actuelle Turquie, au début du Ve siècle. A l’âge de 12 ans, il entra dans un monastère où il demeura pendant plusieurs années. Puis, lorsqu’il fut âgé de 38 ans, il accompagna son higoumène à Antioche pour une réunion d’archimandrites. En chemin, il rencontra saint Siméon le Stylite à Télanissos qui lui accorda sa bénédiction et lui prédit qu’il « souffrirait beaucoup pour Jésus-Christ ». De retour dans son monastère, et après la mort de son supérieur, il fut choisi comme higoumène en 447.

Par la suite, il visita plusieurs lieux saints et monastères, puis se retira en 451 comme ermite dans les ruines d’un ancien temple païen non loin du Bosphore, dont il chassa les esprits impurs. Des moines locaux, prenant ombrage de sa réputation grandissante et des pèlerins qu’il attirait, le firent traduire devant le patriarche Anatole de Constantinople, l’accusant de monophysisme ; il fut blanchi de toute accusation et retourna vivre dans sa retraite.

En 460, Daniel eut une vision de Siméon qui lui enjoignait de suivre son exemple. Ayant par ailleurs hérité de la cuculle (robe de bure) de Siméon, il s’installa sur une colonne « haute de la taille de deux hommes » au nord de Constantinople. Après une controverse quant au terrain sur lequel il était installé, l’emplacement lui fut cédé. Attirant de nombreux disciples et opérant de nombreux miracles, il fut ordonné prêtre par le patriarche Gennade de Constantinople en 465.

Daniel vécut de nombreuses années au sommet de sa colonne, attirant de très nombreux disciples et pèlerins, jusqu’aux empereurs byzantins. Comme il était réputé pour sa grande sagesse, beaucoup de gens venaient le voir pour arbitrer leurs différends. En 493, ayant senti venir sa mort prochaine, il réunit ses disciples pour leur dispenser un dernier enseignement. Puis il rendit son âme à Dieu vers le 11 décembre, en haut de sa colonne qu’il n’avait pas quittée pendant 33 ans.