Né le 6 janvier 1802 à Montgesty, près de Cahors, dans le Lot, fils d’agriculteurs et aîné d’une famille de 8 enfants, il eut une enfance sans piété particulière, mais sentit sa vocation religieuse à l’entrée d’un de ses frères au petit séminaire en 1817. L’année suivante, il entra chez les Lazaristes à Montauban ; il prononça ses vœux le 20 décembre 1820, fut nommé professeur près d’Amiens en 1823 et ordonné prêtre le 23 septembre 1825.
Envoyé enseigner la théologie à Saint-Flour, il fut nommé en 1831 directeur du noviciat des Lazaristes à Paris. Il concevait depuis longtemps le désir de partir comme missionnaire en Chine, mais en avait été empêché en raison d’une mauvaise santé. Son frère Louis, lui aussi lazariste, envoyé en Chine en 1830, mourut sur le trajet ; Jean-Gabriel se porta volontaire pour le remplacer. Il arriva à Macao en août 1835.
Dans une lettre qu’il écrivit à l’époque, on découvre toute son ardeur missionnaire : « Je ne sais pas ce qui m’est réservé dans la carrière qui s’ouvre devant moi : sans doute bien des croix, c’est là le pain quotidien du missionnaire. Et que peut-on souhaiter de mieux, en allant prêcher un Dieu crucifié ? »
Ayant commencé à apprendre le Chinois et à s’adapter aux coutumes locales, il fut envoyé en mission dans la province du Henan, où il arriva, après un difficile voyage, en août 1836. Deux ans plus tard, il fut envoyé dans le Hubei. Partout, dans le dénuement le plus total, il se consacra entièrement à sa mission auprès des fidèles, ne ménageant pas sa peine, et s’investissant tout particulièrement auprès des plus miséreux.
En septembre 1839, la persécution des chrétiens fut relancée dans le Hubei. Jean-Gabriel fut traîné de ville en ville pour être interrogé et torturé. Il fut finalement envoyé à Wuhan où, après plusieurs mois de prison, il fut condamné à mort le 15 juillet 1840. Peu avant, il avait adressé ce message à ses fidèles, par la voie d’un catéchiste : « Dis-leur de ne pas craindre cette persécution. Qu’ils aient confiance en Dieu. Moi je ne les reverrai plus, eux non plus ne me reverront pas, car certainement je serai condamné à mort. Mais je suis heureux de mourir pour le Christ. »
Jean-Gabriel Perboyre fut exécuté à Wuhan le 11 septembre 1840, étranglé sur une croix. Béatifié par Léon XIII le 10 novembre 1889, il fut canonisé par Jean-Paul II le 2 juin 1996 : « Par l’imitation quotidienne de son Seigneur, dans l’humilité et la douceur, il s’identifiera pleinement à lui. Le suivant pas à pas dans sa Passion il le rejoindra pour toujours dans sa gloire. “Une seule chose est nécessaire : Jésus Christ”, aimait-il à dire. Son martyre est le sommet de son engagement à la suite du Christ missionnaire. »