Né à Almodovar del Campo, dans la province de Ciudad Real, en Espagne, le 10 juillet 1561, dans une famille noble locale, baptisé Juan Garcia Gijon, il montra très tôt de grandes capacités intellectuelles. Eduqué dans la mémoire de saint Jean d’Avila, originaire du même lieu, il fit vœu de chasteté à l’âge de 7 ans, et s’infligea de lui-même une forte ascèse, qui nuisit à sa santé.

A l’âge de 15 ans, il rencontra saint Jean de la Croix et sainte Thérèse d’Avila ; cette dernière, le voyant, eut ces mots : « Ce sera un grand saint, maître d’âmes et réformateur d’un ordre dont on parlera. » Ces rencontres renforcèrent sa piété et le confortèrent dans sa vocation.

En 1579, il partit à Tolède pour y poursuivre ses études et, un an plus tard, il entra au couvent des Trinitaires de la ville ; il prit alors le nom de Jean-Baptiste de la Conception. Après avoir étudié la théologie à Alcala, il fut ordonné prêtre en 1584. D’une grande foi, prédicateur de grand talent, ayant une dévotion toute particulière à l’eucharistie, il s’appliqua dès lors à la propagation de la Réforme catholique au sein de son ordre.

A partir de 1594, il s’attacha à la réforme de son ordre, pour lui rendre ses règles originales face au relâchement de la pratique de nombreux religieux. Installé au monastère Trinitaire déchaussé de stricte observance de Valdepenas, où il fut nommé supérieur, il attira de nombreux frères à la réforme, avec pour mots d’ordre la pauvreté, l’humilité et la dévotion mariale. Cela suscita toutefois de nombreuses tensions, notamment avec les supérieurs de sa communauté à Madrid.

Afin de régler ces différends, il se rendit à Rome en 1598, où il logea chez les Carmes déchaussés. En 1599, le pape Clément VII institua officiellement la congrégation des frères réformés et déchaussés de l’Ordre de la Très Sainte Trinité, par le bref Ad militantis Ecclesiae regimen.

De retour en Espagne, Jean-Baptiste fonda plusieurs couvents et en réforma d’autres. En 1605, il fut élu pour trois ans provincial des Trinitaires, et poursuivit ses réformes, malgré une certaine opposition. Puis, en 1608, il s’installa à Madrid, où il s’attacha particulièrement à la rémission des prostituées ; il poursuivit en parallèle ses nombreuses fondations. Il mourut d’épuisement à Cordoue, au couvent Notre-Dame de Grâce, le 14 février 1613. Béatifié par Pie VII le 21 septembre 1819, Jean-Baptiste de la Conception fut canonisé par Paul VI le 25 mai 1975.