Il naquit à Almodóvar del Campo, dans une famille de riches marchands, le 6 janvier 1499. Ayant débuté des études à Salamanque, il rentra chez ses parents en 1517, désirant se consacrer à Dieu ; il entama une vie d’ermite, puis partit en 1520 à Alcalà pour y poursuivre ses études. Il fut ordonné prêtre en 1525.

De retour dans sa ville natale, ses parents étant morts, il distribua ses biens aux pauvres, et conçut le désir de devenir missionnaire au Nouveau Monde. L’archevêque de Séville, ayant eu vent de ses qualités d’orateur, le chargea toutefois de prêcher en Andalousie pour y raviver la foi chrétienne. En 1531, accusé d’hérésie, il fut dénoncé à l’inquisition. Arrêté à l’automne 1532, il fut emprisonné à Séville ; ces accusations furent toutefois reconnues sans fondement.

Jean put ainsi reprendre ses prédications, d’abord à Cordoue, puis à Grenade entre 1536 et 1539, époque à laquelle il devint maître en théologie. Dans cette ville, où il prêchait de suivre le Christ « même au milieu des épines et des ronces », il obtint la conversion de saint Jean de Dieu. Soucieux de l’éducation chrétienne des jeunes, il s’installa à Baeza vers 1540 et fut le premier recteur de l’université fondée dans cette ville par le pape Paul III.

Un temps directeur spirituel de sainte Thérèse d’Avila, il se lia d’amitié avec plusieurs autres saints, tels saint Ignace de Loyola ou saint Pierre d’Alcantara. Il écrivit un grand nombre de textes spirituels et théologiques, et fut un des maîtres spirituels les plus consultés de son époque. Il mourut le 10 mai 1569 à Montilla où, malade, il avait passé les dernières années de sa vie. Il fut canonisé par Paul VI le 31 mai 1970.

Saint Jean d’Avila fut proclamé Docteur de l’Eglise par Benoît XVI le 7 octobre 2012 : « Grand connaisseur des Saintes Ecritures, il était doté d’un ardent esprit missionnaire. Il a su pénétrer avec une profondeur singulière les mystères de la Rédemption opérée par le Christ pour l’humanité. Homme de Dieu, il unissait la prière constante à l’action apostolique. Il s’est consacré à la prédication et au développement de la pratique des sacrements, en concentrant sa mission sur l’amélioration de la formation des candidats au sacerdoce, des religieux et des laïcs, en vue d’une réforme féconde de l’Eglise. »