Issu d’une riche et noble famille, né dans le sud-ouest de l’Angleterre dans les années 1050, il fut notamment éduqué à l’abbaye bénédictine de Sherborne, dans le Dorset. Après un bref passage en Ecosse, il se rendit à Paris pour y achever ses études. Il fit ensuite un pèlerinage à Rome, au terme duquel, de retour en France, il devint moine à l’abbaye de Molesme, que venait tout juste de fonder saint Robert.

Lorsque le respect de la règle se relâcha à Molesme, il s’en éloigna avec notamment saint Robert et saint Albéric ; ensemble, ils fondèrent Cîteaux en 1098. Après le rappel de Robert à Molesme et la mort d’Albéric, Etienne devint le troisième abbé de Cîteaux. Alors que les moines vieillissaient et que les vocations se raréfiaient, il acheva de fixer la règle cistercienne, insistant sur la simplicité et la rigueur, en rédigeant la Carta Caritatis, constitution de l’ordre approuvée par le pape Calixte II en 1119. Il lutta particulièrement contre le relâchement des moines et contre la simonie.

N’ayant jamais désespéré et étant demeuré fidèle, Etienne Harding eut la joie de voir l’entrée à Cîteaux en 1112 de saint Bernard, qui fut bientôt suivi d’une trentaine d’autres postulants. Les deux hommes procédèrent au développement de l’ordre cistercien, fondant plusieurs monastères, dont Clairvaux. En 1133, Etienne renonça à sa charge car il perdait peu à peu la vue ; il mourut à Cîteaux le 28 mars 1134.