Il naquit vers 1532 à Peterborough, dans le Cambridgeshire, à une centaine de kilomètres au nord de Londres, dans une famille anglicane. Agé d’une quarantaine d’années, il se convertit au catholicisme et partit pour Douai où se trouvait un séminaire pour les candidats anglais à la prêtrise. Il y fut ordonné le 7 avril 1576.

Quelques jours plus tard, le 24 avril, il partit en mission en Angleterre, en compagnie de saint Cuthbert Mayne. Il s’installa dans l’Essex, à Ingatestone, à l’est de Londres, où il vécut secrètement chez la fille de l’ancien lord-maire de Londres, Anne Petre, dont il se faisait passer pour un domestique ; dans sa maison se trouvait un trou de prêtre, une cache pour échapper aux contrôles.

Après quelques mois de ministère clandestin, durant lesquels il avait notamment obtenu la conversion d’un ancien diacre catholique qui était passé à l’anglicanisme, George Godsalf, il fut arrêté au début de l’année 1577 et exilé à Douai où il vécut pendant environ deux ans. En 1579, il retourna en Angleterre, où il fut dénoncé et arrêté début juillet 1581 dans le Warwickshire, sur un domaine appartenant à Anne Petre. Emprisonné à Colchester puis à la tour de Londres, il fut violemment torturé avant d’être condamné à mort.

Jean Payne fut exécuté à Chelmsford, dans l’Essex, le 2 avril 1582, par pendaison, éviscération et écartèlement, peine réservée aux traîtres. Béatifié par Pie XI en 1929, il fut canonisé par Paul VI le 25 octobre 1970, dans un groupe de 40 martyrs d’Angleterre et du Pays de Galles : « Tout comme l’effusion du sang du Christ, l’oblation que les martyrs font de leur vie devient, en vertu de leur union avec le Sacrifice du Christ, une source de vie et de fécondité spirituelle pour l’Eglise et pour le monde entier. »