Né vers 1561 à Horsham St Faith, au Nord de Norwich, dans le Norfolk, dans l’est de l’Angleterre, dernier-né des huit enfants d’une famille de petite noblesse qui, bien que catholique, s’était peu ou prou accommodée du schisme, il fit preuve dès sa jeunesse d’une grande piété et d’un désir d’entrer dans les ordres.
Envoyé en 1576 au collège jésuite anglais de Douai, il poursuivit ses études à Paris, où il demanda son admission dans la Compagnie au début de l’année 1578. La décision de l’admettre ou non étant reportée, il entreprit un pèlerinage à pied vers Rome, où il fut admis au noviciat jésuite le 17 octobre 1578. Ordonné prêtre en 1584 à Rome, il fut envoyé en 1586 en Angleterre, où les prêtre catholiques étaient menacés de la peine de mort.
Arrivé à Londres à l’été 1586, il devint supérieur des Jésuites locaux et exerça clandestinement son apostolat pendant plusieurs années, apportant son soutien aux catholiques persécutés. Il rédigea durant cette période de nombreux textes qui, publiés anonymement, eurent une grande influence sur les fidèles anglais.
Après avoir échappé pendant six ans aux agents du gouvernement, il fut arrêté en juin 1592. Enfermé dans la tour de Londres, il y passa trois ans, durant lesquels il fut torturé avec une extrême violence, sans jamais révéler les noms de ceux qui l’avaient hébergé.
Robert Southwell fut jugé et, niant avoir jamais songé prendre part au moindre complot contre la Reine, expliqua que son rôle était « d’administrer les sacrements de l’Eglise catholique à ceux qui le souhaitaient ». Condamné à mort, il fut conduit à Tyburn, haut lieu d’exécution des catholiques, où il s’adressa à la foule en leur affirmant qu’il priait pour le salut de la Reine et de son pays. Après avoir récité le In manus tuas Domine, il fut pendu et décapité, le 21 février 1595. Quand sa tête fut brandie devant la foule, alors qu’il était de tradition qu’on criât « Traître ! », personne ne dit le moindre mot. Béatifié par Pie XI le 15 décembre 1929, il fut canonisé par Paul VI le 25 octobre 1970.