Né au tournant du IIIe et du IVe siècle dans une noble famille romaine, il épousa sainte Dafrose et eut deux filles, sainte Bibiane et sainte Démétrie. Sa haute naissance et ses grandes compétences conduisirent les empereurs romains chrétiens à le nommer aux premières fonctions de la magistrature, jusqu’à celle de préfet de Rome par Constantin Ier le Grand.

Aimé du peuple, fidèle à l’empereur, il exerçait sa charge saintement, cherchant toujours à plus répandre la foi chez ses sujets. Après l’avènement de l’empereur Constance, qui voulut imposer l’arianisme, il demeura fidèle dans sa foi orthodoxe, sans se cacher. Il fut finalement démis de ses fonctions par l’empereur, mais demeurait très populaire.

Puis, quand Julien l’Apostat fut devenu empereur, il commanda au nouveau gouverneur de Rome de faire arrêter Flavien. Ce dernier refusa d’abjurer sa foi, déclarant : « Je suis chrétien et je le resterai. De plus, je considère que c’est le plus grand honneur que de donner non seulement tout ce que je possède, mais aussi ma vie, pour la gloire du Christ. »

Déchu de ses titres de noblesse et réduit au rang d’esclave, Flavien fut marqué au fer rouge sur le front. Peu torturé à Rome même, car les autorités craignaient une révolte, il fut envoyé en exil à Acquapendente et subit un grand nombre de tourments. Il supporta tous les mauvais traitements avec une grande patience, se réfugiant dans la prière. Il rendit finalement son âme à Dieu vers l’an 362, épuisé par les tortures et les privations.