Il naquit à Florence, le 22 juillet 1515, dans une famille de juristes. Il reçut ses premiers enseignements au couvent San Marco et se fit remarquer dès son plus jeune âge pour sa piété. Son père, qui n’entendait pas qu’il pût un jour prendre l’habit religieux, le confia à un oncle, riche négociant de San Germano, non loin du mont Cassin, qui voulait en faire son héritier. Voulant se consacrer entièrement à Jésus-Christ, Philippe abandonna bientôt ce riche avenir et se rendit à Rome vers 1534 pour y étudier la philosophie et la théologie.

En parallèle de ses études, il fut pendant un temps précepteur dans une noble famille. Admiré pour sa vertu et sa piété, il fonda avec quelques jeunes gens une association au service des pèlerins pauvres, la Confrérie de la Trinité des Pèlerins. Son confesseur l’engagea à entrer dans le sacerdoce ; il fut ordonné prêtre le 23 mai 1551.

Dès lors, Philippe mit tout son zèle à l’évangélisation. Il envisagea même de partir en Inde, à l’image de saint François Xavier, mais en fut dissuadé car Rome avait encore besoin de lui, à cette époque où la réforme tridentine s’installait dans l’Eglise. Sa vie était faite de prière et de mortification, et il disait : « Il est nécessaire de se renoncer même dans les choses qui semblent des bagatelles. C’est ainsi qu’on s’accoutume à vaincre dans les grands combats. » Il considérait l’obéissance comme la clé de la vie spirituelle : « L’obéissance est le chemin le plus court conduisant à la perfection. »

Il eut une grande vie mystique, qui s’accompagna de miracles. Il eut un certain nombre d’extases et fut plusieurs fois vu en lévitation alors qu’il célébrait la messe ; il ressuscita même un mort, le prince Paolo Massimo, le temps d’une confession. Joyeux, d’une gaîté communicative et parfaitement humble, il se complaisait dans les persécutions et le mépris. En 1551, il fonda la congrégation de l’Oratoire, société de prêtres vouée à la sanctification et à l’enseignement.

Philippe Néri mourut à Rome, le 26 mai 1595. Une de ses dernières paroles, sur son lit de mort, fut : « Celui qui désire autre chose que le Christ ne sait pas ce qu’il veut ; celui qui demande autre chose que le Christ ne sait pas ce qu’il demande. » Il fut canonisé par Grégoire XV le 12 mars 1622.