Né à Armagh, aujourd’hui en Irlande du Nord, vers l’an 1094 dans une famille probablement noble, il fut éduqué par un ermite, puis poursuivit ses études avant d’être ordonné prêtre en 1119 par l’archevêque saint Cellach d’Armagh. Ce dernier le nomma rapidement vicaire épiscopal, poste qu’il occupa pendant près de deux ans.

Il se rendit ensuite auprès d’un évêque qui poursuivit son enseignement et, en 1123 fut nommé abbé de l’abbaye de Bangor. En 1132, il devint archevêque d’Armagh. Il s’occupa alors de rétablir la discipline de l’Eglise et de faire adopter partout l’usage de la liturgie romaine. Cette tâche accomplie, il démissionna de sa charge d’archevêque vers 1137, conservant seulement le titre d’évêque de Down.

A Downpatrick, il fonda un prieuré de chanoines augustins. En 1139, il entreprit un voyage à Rome, durant lequel il visita notamment saint Bernard de Clairvaux. Il sollicita du pape Innocent II le pallium pour les évêques d’Armagh et de Cashel et fut nommé légat pontifical en Irlande. Sur le voyage de retour, il s’arrêta de nouveau à Clairvaux et s’attacha plusieurs moines qui le suivirent en Irlande et fondèrent l’abbaye de Mellifont en 1142.

Malachie voulut entreprendre un nouveau voyage à Rome en 1148. Mais, affaibli et malade, il mourut à son arrivée à Clairvaux, dans les bras de saint Bernard, le 2 novembre 1148. Il fut canonisé par Innocent III le 6 juillet 1199. Saint Malachie est surtout connu pour la Prophétie des papes, texte très probablement apocryphe qui donnerait une indication par périphrase sur tous les papes depuis Célestin II.