Né a Bagnoregio, en Ombrie, vers 1220, d’un père médecin, baptisé Giovanni, il fut guéri d’une grave maladie dans sa jeunesse par l’invocation de saint François d’Assise. Envoyé à Paris en 1236 afin d’étudier les arts à la Sorbonne, il entra en 1243 chez les Franciscains, et, après avoir obtenu son diplôme en théologie, commença de l’enseigner en 1248 ; il devint docteur en théologie en 1257.

La même année, il fut élu ministre général de son ordre ; il dut faire face à une querelle franciscaine entre les partisans de la pauvreté stricte et ceux qui voulaient voir l’ordre évoluer vers l’enseignement. En 1265, il refusa d’être nommé par le pape Clément IV archevêque d’York, pour pouvoir rester à Paris et défendre les ordres mendiants.

En 1271, il conseilla les cardinaux au conclave qui élut le pape Grégoire X ; ce même pape le nomma cardinal d’Albano en 1273 et lui donna pour mission la préparation du concile de Lyon II, dont les principaux sujets abordés devaient être la conquête de la Terre Sainte, l’union avec les Eglises d’Orient et le déroulement des conclaves.

Le concile s’ouvrit le 7 mai 1274. Bonaventure, pendant la session du 13 juillet, se sentit défaillir ; son secrétaire affirma qu’il avait été empoisonné. Il mourut dans la nuit du 14 au 15 juillet, laissant une œuvre importante inspirée de l’augustinisme. Sixte IV le canonisa le 14 avril 1482 et Sixte Quint le proclama Docteur de l’Eglise en 1587.

Dans son audience générale du 3 mars 2010, qu’il consacra à saint Bonaventure, Benoît XVI dit : « L’enseignement fourni par Bonaventure dans son œuvre et dans sa vie demeure toujours actuel : l’Eglise est rendue plus lumineuse et belle par la fidélité à la vocation de ses fils et de ses filles qui non seulement mettent en pratique les préceptes évangéliques mais, par la grâce de Dieu, sont appelés à en observer les conseils et témoignent ainsi, à travers leur style de vie pauvre, chaste et obéissant, que l’Evangile est une source de joie et de perfection. »