Il naquit le 31 janvier 1597 à Fontcouverte, dans l’Aude. Ayant obtenu une bourse, il put faire des études au collège jésuite de Béziers, et, en 1616, il entra au noviciat jésuite. Ordonné prêtre en 1630, il révéla de grands talents pour l’enseignement et la prédication.
Alors qu’il désirait rejoindre la Nouvelle-France afin d’évangéliser cette terre avec ses confrères jésuites, ses supérieurs lui demandèrent de rester en France pour prêcher dans des territoires encore très marqués par le souvenir des récentes Guerres de Religion.
A partir de 1636, il parcourut les montagnes du Velay, du Vivarais et du Forez, prêchant sans relâche la vraie foi, ne se ménageant pas même l’hiver, époque à laquelle les paysans étaient plus accessibles. Sa catéchèse claire et son mode de vie austère attiraient les foules. Il prêcha particulièrement au Puy-en-Velay, où il établit un refuge pour les prostituées repentantes.
Jean-François Régis mourut d’épuisement et de maladie, le 31 décembre 1640, à Lalouvesc, en Ardèche, dans le Vivarais, où il s’était rendu pour une énième mission. Il fut canonisé le 5 avril 1737 par Clément XII. Il est notamment surnommé le « marcheur de Dieu » ; il est le saint patron des jésuites de la province de France.