Elle naquit à Séoul en 1787, dans une famille qui l’éduqua dans le confucianisme, à une époque où les chrétiens étaient persécutés en Corée. S’étant mariée, elle vécut dans le confucianisme durant de nombreuses années avant de découvrir le catholicisme au contact de sa sœur aînée et de se convertir. Elle détruisit et brûla tous ce qui était en lien avec le paganisme dans sa maison et devint une fidèle fervente, malgré son incapacité à apprendre la doctrine et les prières ; elle était connue comme la femme qui ne connaissait rien d’autre que « Jésus et Marie ».
En septembre 1836, elle fut arrêtée par les autorités. Au juge, elle déclara : « Je ne connais que Jésus et Marie. (…) Je préférerais mourir plutôt que de les abandonner. » Elle demeura fidèle malgré la torture. Conduite en prison, elle fut joyeusement accueillie par les autres détenus ; elle fut baptisée en prison, son incapacité à s’instruire ayant jusqu’alors repoussé ce sacrement. Elle fut décapitée le 24 mai 1839, dans les environs de Séoul.
Béatifiée par Pie XI le 5 juillet 1839, Agathe Kim A-gi fut canonisée par Jean-Paul II le 6 mai 1984 dans un groupe de martyrs coréens : « Les martyrs coréens ont témoigné du Christ crucifié et ressuscité. Par le sacrifice de leur vie, ils sont devenus semblables au Christ d’une manière toute particulière. Les paroles de l’apôtre saint Paul auraient pu être prononcées par eux : “Nous portons sans cesse dans notre corps la mort de Jésus, afin que la vie de Jésus soit aussi manifestée dans notre corps… Nous sommes sans cesse livrés à la mort pour Jésus, afin que la vie de Jésus soit manifestée dans notre chair mortelle.” »