Né le 5 mai 1804 à San Martin de las Ollas, dans le nord de l’Espagne, il entra chez les Frères mineurs déchaussés (une branche de l’ordre franciscain) en 1825, fut ordonné prêtre en 1830 et envoyé en Terre Sainte dès l’année suivante. Maîtrisant rapidement la langue arabe, il exerça là-bas un apostolat fructueux, à Rama, Haïfa et Damas.

Reconnu pour sa grande patience, il fut en 1859 nommé supérieur du monastère franciscain du quartier chrétien de Bab Touma à Damas. En 1860, les musulmans druzes entamèrent une violente persécution des chrétiens.

Comme les druzes arrivaient à son monastère, dans la nuit du 9 au 10 juillet 1860, Emmanuel Ruiz se rendit dans l’église pour y consommer les Saintes Espèces, afin qu’elles ne fussent pas profanées. Sommé de se convertir à l’islam, ce qu’il refusa, il fut torturé et mis à mort au pied de l’autel, après avoir dit : « Faites votre travail, je suis prêt à donner ma vie pour le Christ ! » Sept autres franciscains et trois prêtres maronites furent martyrisés le même jour dans ce couvent.

Emmanuel Ruiz fut béatifié par Pie XI le 10 octobre 1926. Un consistoire du 1er juillet 2024 a approuvé sa canonisation et en a fixé la date au 20 octobre 2024.