Fils du duc de Bavière Henri le Querelleur, il naquit le 6 mai 973 à Abbach, le long du Danube, en Bavière. Au départ destiné à être clerc, il épousa toutefois sainte Cunégonde de Luxembourg, mariage stérile et chaste, et devint duc de Bavière à la mort de son père en 995.

Quand mourut son cousin l’empereur Otton III, il s’empara des insignes de roi de Germanie, et fut officiellement élu roi le 7 juin 1002. Il fut ensuite couronné roi d’Italie le 15 mai 1004 à Pavie, et, après plusieurs campagnes militaires, parvint à Rome en 1014, où il fut couronné empereur par le pape Benoît VIII le 14 février.

Empereur, il travailla à l’unification du Saint-Empire et s’impliqua tout particulièrement dans les relations avec l’Eglise. Il affirma le pouvoir des évêques sur le clergé local. Il apporta aussi un soutien militaire à Benoît VIII. En 1024, il installa sur le trône de Pierre le pape Jean XIX. Il fut aussi l’artisan de la conversion du roi de Hongrie saint Etienne. Oblat bénédictin, il s’attacha à la propagation de la réforme clunisienne.

Henri II mourut subitement le 13 juillet 1024, à Grone, en Saxe ; sans héritier, il avait institué le Christ comme légataire de ses biens. Il fut canonisé par Eugène III en 1147.