Il naquit à Bqaa Kafra, au Liban, dans une famille de paysans maronites, le 8 mai 1828. Baptisé Youssef Antoun Makhlouf, il ressentit très jeune la vocation religieuse, mais sa famille y étant opposé, il se rendit secrètement au monastère Notre-Dame de Mayfouk en 1851. Un an plus tard, il fut envoyé au monastère Saint-Maroun, à Annaya, au nord de Beyrouth. Il y fit ses vœux le 1er novembre 1853, prit le nom de Charbel, et fut ordonné prêtre le 23 juillet 1859.

Après 20 années passées au monastère, il se retira dans un ermitage proche où il vécut dans une parfaite ascèse. Il accueillait des fidèles pour leur donner des conseils spirituels et était un confesseur recherché, qui pouvait lire dans le cœur des pénitents. Il accomplissait déjà de nombreux miracles.

Le 16 décembre 1898, Charbel Makhlouf fut frappé de paralysie alors qu’il célébrait la messe. Durant les jours qui suivirent, il répéta cette unique parole : « Père de Vérité, voici votre Fils… » Il mourut le 24 décembre et son supérieur écrivit ce commentaire : « Fidèle à ses vœux, d’une obéissance exemplaire, sa conduite fut plus angélique qu’humaine. » Des guérisons miraculeuses se produisirent sur sa tombe ; un liquide huileux et rosâtre ayant l’odeur de sang frais exsude de son corps incorruptible, ce phénomène ayant été confirmé lors de plusieurs exhumations. Il fut canonisé par Paul VI le 9 octobre 1977.