Il naquit à Autun, en 496. Dernier enfant d’une famille nombreuse et pauvre, il n’était pas désiré : sa mère voulut l’avorter, mais n’y parvint pas. Il fut confié à une tante qui essaya de l’empoisonner. Par la suite, il fit ses études auprès d’un moine de sa famille, Scopilion, auprès duquel il resta 15 ans. Dès cette époque, il se montra pieux, austère et ascétique.

Ordonné prêtre par l’évêque d’Autun Agrippin, il fut nommé par son successeur, saint Nectaire, abbé du monastère Saint-Symphorien. Remarquable pour sa charité, il donnait tout aux pauvres, s’en remettant à la divine providence pour nourrir ses moines. Il accomplissait déjà de nombreux miracles. Un jour, un vieillard lui apparut et lui remit les clefs de Paris, disant : « Je vous apporte les clefs d’une ville dont vous serez le protecteur et le père. » Il fut de fait nommé évêque de Paris en 555 par le roi Childebert.

20ème évêque de Paris, Germain tenta de changer les mauvaises mœurs de la cour royale et d’empêcher les luttes fratricides des descendants de Clovis, au temps des reines tristement célèbres Brunehaut et Frédégonde. Il vécut son épiscopat comme un moine, dans une parfaite austérité ; il pratiquait le jeûne et se privait de feu pendant les froides nuits d’hiver. Il pratiquait l’aumône, distribuant aux miséreux tous les biens qui lui étaient donnés quand il ne les utilisait pas pour racheter des captifs. Bâtisseur, il fonda l’abbaye de Saint-Germain-des-Prés.

En 576, la date de sa mort lui fut révélée par avance. Il fit inscrire ces mots sur un mur de sa chambre : V des calendes de Juin (28 mai 576). C’est en ce jour qu’il mourut, en odeur de sainteté.