Francisco de Jasso y Azpilicueta naquit au château de Xavier, non loin de Pampelune, dans le royaume de Navarre, le 7 avril 1506, dans une famille d’ancienne noblesse. Six ans plus tard, la Navarre fut rattachée au royaume de Castille. François partit quelque temps plus tard à Paris pour y faire ses études et, dans une Europe du début du XVIe siècle confrontée à la montée du Protestantisme, il choisit de devenir prêtre. Il se lia d’amitié avec saint Ignace de Loyola et saint Pierre Favre et fut avec eux, en 1534, l’un des membres fondateurs des Jésuites.

Ordonné prêtre à Venise en 1537 avec les premiers Jésuites, il se rendit ensuite avec eux à Rome pour se placer sous l’autorité directe du souverain pontife. Puis, à la demande du roi du Portugal Jean III, il fut envoyé par Ignace pour évangéliser les nouvelles conquêtes portugaises, aux Indes orientales. Il fut par ailleurs nommé nonce apostolique par le pape Paul III. Après un passage à Lisbonne, il arriva à Goa en mai 1542.

En premier lieu, il œuvra à ré-évangéliser les Portugais présents sur place, qui s’étaient éloignés de Dieu ; touchés par ses prédications, beaucoup changèrent radicalement de vie. Il se vit aussi confier la gestion d’une école, le collège Saint-Paul, première école dirigée par un Jésuite. Dans les années qui suivirent, il fit le tour des comptoirs et îles portugais, déjà partiellement évangélisés mais où régnaient encore l’idolâtrie et la superstition, et, accompagnant ses prêches de nombreux miracles, il connut de grands succès en baptisant des païens par milliers.

A partir de 1549, il évangélisa le Japon, où il connut un certain succès, en étant bien reçu par les autorités ; il fut cependant mal reçu par les moines bouddhistes. Toutefois, dix-sept mois plus tard, il estimait avoir converti plus de 12.000 Japonais. Convaincu que le centre philosophico-religieux de l’Orient se trouvait en Chine, il résolut de s’y rendre pour l’évangéliser en 1551. Il repartit pour l’Inde d’où il était éloigné depuis deux ans, où il apprit que l’Inde était devenue une province jésuite indépendante de celle du Portugal, et qu’il en avait été nommé provincial.

Dans le courant de l’année 1552, François Xavier s’embarqua pour gagner la Chine et s’arrêta sur l’île de Sancian, à une centaine de kilomètres au large de Macao, où se trouvaient des Portugais. Il échoua toutefois à trouver un passeur pour le continent. Epuisé et malade, il défaillit juste après avoir célébré la messe, le 21 novembre. Les traitements furent vains, et il mourut sur l’île de Sancian le 3 décembre 1552. Il fut canonisé par Grégoire XV le 12 mars 1622, en même temps que saint Ignace de Loyola et sainte Thérèse d’Avila. En 1927, il fut nommé par Pie XI saint patron de toutes les missions catholiques, avec sainte Thérèse de l’Enfant-Jésus.