Né dans une famille noble à Crémone, dans le duché de Milan, dans les toutes premières années du XVIe siècle, orphelin de père à l’âge de deux ans, il fut élevé par sa mère, qui lui transmit sa foi. Après avoir étudié la philosophie à Pavie, il se forma à la médecine à Padoue, et exerça comme médecin à Crémone entre 1524 et 1527.

C’est en 1527 qu’il ressentit l’appel de Dieu. Il suivit alors des études théologiques à Bologne, et fut ordonné prêtre à Crémone le 20 février 1529. D’abord aumônier dans des hôpitaux et des institutions accueillant les pauvres, il devint directeur spirituel de la comtesse Ludovica Torelli de Gustalla, qu’il suivit à Milan en 1530.

A Milan, il rejoignit tout d’abord l’Oratoire de la Sagesse Eternelle, puis fonda les Clercs réguliers de Saint-Paul, ou ordre des Barnabites, les Sœurs angéliques de Saint-Paul (branche féminine) et les oblats de Saint-Paul (pour les gens mariés). Cet ordre, annonciateur des réformes du prochain concile de Trente, se dévouait spécialement à l’éducation des jeunes et à l’évangélisation, en répandant particulièrement la dévotion au Saint-Sacrement : c’est ainsi que furent instituées les Quarante-Heures, une exposition publique du Saint-Sacrement pendant 40 heures, rappelant le temps que le corps de Notre Seigneur demeura au tombeau.

Les Barnabites furent reconnus officiellement par le pape Clément VII dès 1533, et Antoine-Marie fonda une deuxième maison à Vicence, en Vénétie, en 1537. Il s’attira toutefois de solides inimitiés, car il dénonçait les abus qui avaient cours dans l’Eglise, et fut même accusé d’hérésie, ce dont il fut blanchi par deux fois.

Antoine-Marie Zaccaria, après une courte vie marquée par les pénitences et les mortifications, tomba malade durant une mission à Gustalla en 1539. Il mourut dans la maison où il était né, dans les bras de sa mère, le 5 juillet 1539. Il fut canonisé par Léon XIII le 27 mai 1897.