Fils d’un noble catalan, né à Faucon-de-Barcelonnette, en Provence, le 23 juin 1160, il se montra dès sa prime jeunesse d’une grande piété. Il avait aussi un souci particulier des pauvres, que lui avait transmis sa mère. Après des études à Marseille puis Aix-en-Provence, il obtint son doctorat en théologie ; il fut ensuite ordonné prêtre.

Lors de sa première messe, le 28 janvier 1193, il eut une vision du Christ, qui portait une tunique blanche marquée d’une croix rouge et bleue, et qui tenait par la main deux captifs, un chrétien et un Maure. Il décida dès lors de se consacrer au rachat des captifs chrétiens des Maures. Pour s’y préparer, il se rendit auprès de saint Félix de Valois pour faire une retraite. Les deux hommes eurent une vision d’un cerf blanc, qui portait une croix rouge et bleue entre ses bois.

Les deux hommes jetèrent alors les bases de l’Ordre de la Très Sainte Trinité pour la Rédemption des Captifs, dit Ordre des Trinitaires, et se rendirent à Rome pour le faire approuver par le pape Innocent III : ce fut fait par la bulle Operante divine dispositionis du 17 décembre 1198.

Alors que Félix rentrait en France pour y développer les Trinitaires, Jean resta à Rome avec la même mission pour l’Italie. L’Ordre fleurit rapidement, et des religieux furent envoyés en Afrique avec pour unique mission la rédemption des chrétiens captifs, par rachat ou échange, si besoin en prenant eux-mêmes la place des prisonniers.

Après un bref séjour en Dalmatie, Jean se vit offrir la pourpre cardinalice, qu’il refusa par humilité. Il fit lui-même deux voyages en Afrique, durant lesquels il sauva de nombreux chrétiens, sous les attaques des mahométans. De retour en Italie, il prêcha sans relâche contre les Albigeois qui arrivaient au nord, rétablissant et affermissant la foi de beaucoup.

Peu de temps avant sa mort, Jean de Matha rencontra sans doute saint François d’Assise, qu’il conforta dans sa vocation. Il rentra ensuite à Rome, où il mourut le 17 décembre 1213. Il fut canonisé par Alexandre VII le 21 octobre 1666.