Né à Rostkowo, en voïvodie de Mazovie, dans le centre-est de la Pologne actuelle, le 28 octobre 1550, fils d’un sénateur noble, deuxième de sept enfants, il fut éduqué dans la piété, la tempérance et la modestie. En 1564, il fut envoyé à Vienne à l’internat jésuite pour y étudier, mais dut dès l’année suivante loger chez un sénateur luthérien, après la fermeture de l’internat. Il subit alors des moqueries et des humiliations en raison de sa piété et des longues heures qu’il passait en prière.

Elève très studieux, il était adepte de la confession et de la communion fréquentes ; il développa une grande dévotion envers la Vierge Marie et entra dans la congrégation mariale de Sainte-Barbe, qui se réunissait pour prier et pour porter assistance aux pauvres voyageurs et prisonniers. Un jour qu’il était malade et alité, il demanda à recevoir la communion, ce que son logeur luthérien refusa catégoriquement : priant alors sainte Barbe, il la vit entourée de deux anges lui apporter elle-même la communion. C’est de ce jour qu’il prit la ferme décision d’entrer chez les jésuites, malgré l’opposition de son père.

Mais il se heurta au refus des jésuites de Pologne, qui craignaient une vive réaction de représailles de la part de son père. Le 10 août 1567, il prit alors la fuite du domicile familial pour se rendre à Augsbourg puis à Dilligen, où il trouva saint Pierre Canisius, qui l’envoya au noviciat jésuite de Rome : il y arriva le 25 octobre 1567, et fut reçu sans difficulté.

Stanislas fut rapidement un modèle pour tous ses confrères. Il reçut bientôt une lettre de son père, d’une grande violence, qui lui reprochait d’avoir, par son départ, « déshonoré l’illustre famille des Kostka ». Il lui répondit : « J’espère qu’avec le temps, vous me rendrez votre ancienne affection. » Au début du mois d’août 1568, il eut la prémonition de sa mort prochaine, et écrivit une lettre à la Vierge pour lui demander de le prendre au ciel au jour de son Assomption. Tombé gravement malade le 10 août, il mourut le 15 août 1568, vers 4 h du matin, en la fête de l’Assomption de la Vierge Marie. Il fut canonisé par Benoît XIII le 31 décembre 1726.