Né en Irlande vers l’an 700 dans une famille noble, il fut probablement éduqué à l’abbaye d’Iona, en Ecosse, avant de prendre l’habit monastique. Par la suite, il fut sans doute abbé du monastère d’Aghaboe, dans le comté de Laois, en Irlande ; il était particulièrement reconnu pour ses connaissances en géographie.

Vers 743, il entama un pèlerinage en direction de la Terre Sainte. Il fit halte au monastère de Quierzy, dans l’Aisne, où il fit la rencontre de Pépin le Bref qui le prit pour conseiller. Après avoir passé quelques années à Cressy, non loin de Compiègne, il se rendit en Bavière où il fonda le monastère de Chiemsee.

Peu après, il fut nommé abbé de l’abbaye Saint-Pierre de Salzbourg. Il s’attacha dès lors avec succès à la conversion des Slaves. Il eut par ailleurs une controverse avec saint Boniface qui l’accusait d’enseigner une doctrine hétérodoxe mais en sortit blanchi après un appel au pape saint Zacharie.

Quelques années après le martyre de saint Boniface, Virgile fut nommé évêque de Salzbourg vers l’an 766. Il continua sa mission d’évangélisation, rencontrant toujours un grand succès. Il mourut à Salzbourg le 27 novembre 784 et fut canonisé par Grégoire IX en 1233.