Né dans la deuxième moitié du XVe siècle à Cantorbéry, il entra chez les Augustins et obtint un doctorat en théologie. Après son ordination, il fut envoyé au couvent de Droitwich, dont il devint prieur. Quelques années plus tard, il repartit pour Cantorbéry. Lorsque le roi Henri VIII voulut divorcer de Catherine d’Aragon et chercha des ecclésiastiques favorables, Jean Stone fut approché, mais demeura inflexible, considérant ce divorce comme injuste et immoral. Il dénonça par ailleurs la volonté du roi de se proclamer chef spirituel de l’Eglise.

En 1538, son couvent fut fermé sur ordre royal après l’annonce de la dissolution des monastères ; seul parmi ses frères il refusa de signer les actes reconnaissant la suprématie du roi sur l’Église d’Angleterre et la cession volontaire du monastère. Arrêté, il fut envoyé à Londres auprès du ministre Thomas Cromwell qui tenta sans succès de l’infléchir, puis qui le fit enfermer à la Tour de Londres. En octobre, il fut renvoyé à Cantorbéry afin d’y être jugé pour trahison.

Jugé sommairement, Jean Stone fut condamné à mort ; il fut pendu, éviscéré et écartelé le 7 ou le 27 décembre 1539. Ses dernières paroles furent : « Voici, je clos mon apostolat par mon sang ; dans ma mort, je trouverai la vie, car je meurs pour une cause sainte, la défense de l’Eglise de Dieu, infaillible et immaculée. » Béatifié par Léon XIII le 9 décembre 1886, il fut canonisé par Paul VI le 25 octobre 1970.