Fils d’un sénateur romain, il naquit à Rome dans le courant du Ier siècle. Converti au christianisme, il fut disciple de saint Paul, puis devint presbytre avant d’être choisi comme pape vers l’an 92, après le martyre de saint Anaclet. Il fut ainsi le quatrième pape de l’Eglise.
Comme les autres papes de ces temps reculés, il affermit la foi face aux diverses doctrines hérétiques qui avaient cours et continua d’organiser l’Église de Rome. Il défendit aussi la primauté du siège de Rome, notamment dans une épître adressée aux Corinthiens qui entraient en dissidence.
Durant la persécution de Trajan, vers l’an 98, il fut proposé à Clément, en raison de sa noble ascendance, d’être laissé en paix s’il renonçait à sa charge. Il s’y refusa et fut déporté à Chersonèse où, après avoir soutenu la communauté chrétienne déportée et converti de nombreux autres exilés, il fut jeté à l’eau une pierre attachée au cou : c’est ainsi qu’il accomplit son martyre.