D’origine romaine, né dans le courant du IIe siècle, il entra dans le clergé romain et fut élu pape le 21 juillet 230, peu après le martyre de saint Urbain Ier. En 231, il réunit à Rome un synode pour approuver la condamnation d’Origène par l’évêque d’Alexandrie Démétrius Ier. Son pontificat fut d’abord relativement paisible, sous le règne de l’empereur Sévère Alexandre.

Il fut opposé au schisme de l’antipape Hippolyte de Rome qui, avec une faction, menait une fronde depuis le pontificat de saint Calixte Ier, lui ayant reproché ce qu’il considérait comme du « laxisme » envers les repentis. Mais après l’avènement de l’empereur Maximin Ier le Thrace, Pontien et Hippolyte furent arrêtés et déportés dans des mines de sel en Sardaigne, ce qui permit à l’antipape de se convertir.

Pontien, ayant été déporté et condamné aux travaux forcés, fut le premier pape à renoncer à sa charge, le 28 septembre 235, mais le pape suivant, saint Anthère, ne fut élu qu’après sa mort. Epuisé par les privations et les mauvais traitements, il mourut le 30 octobre 235 sous les coups de bâtons de ses geôliers.