Jean Ciudad naquit le 8 mars 1495 à Montemor-o-Novo, non loin de Lisbonne, au Portugal. Fils d’un artisan, il s’enfuit à l’âge de huit ans pour tenter de rejoindre Madrid. Il fut recueilli par l’intendant des troupeaux du comte d’Oropesa, dans la région de Tolède. Tour à tour berger, soldat de Charles Quint, régisseur de domaine, tailleur de pierres, libraire… il se convertit en 1537, après avoir entendu un sermon de saint Jean d’Avila à Gibraltar.
L’exaltation du nouveau converti était telle qu’il fut pris pour un fou par une partie de la population. Envoyé dans un asile, il dépensa tous ses biens pour offrir de meilleures conditions de vie aux indigents ; saint Jean d’Avila l’encouragea dans cette voie.
En 1537 toujours, il fonda l’hôpital de Grenade, qu’il dirigea jusqu’à sa mort, qui est considéré comme précurseur de l’hôpital moderne. Désormais respecté par la population, c’est à cette époque qu’il prit le nom de Jean de Dieu. Il fut rejoint par de nombreux disciples ; ils créèrent une congrégation qui deviendrait l’Ordre hospitalier de Saint-Jean-de-Dieu, officiellement approuvée par saint Pie V en 1572.
Jean de Dieu vécut dans la pauvreté et la mortification, et eut plusieurs expériences mystiques. Durant l’hiver 1550, il se jeta dans une rivière glacée pour tenter de secourir un homme emporté par les flots. Tombé malade, il mourut le 8 mars 1550, le jour de ses 55 ans. Ses derniers mots furent : « Il reste en moi trois sujets d’affliction : mon ingratitude envers Dieu, le dénuement où je laisse les pauvres, les dettes que j’ai contractées pour les soutenir. » Il fut canonisé en 1690 par Alexandre VIII ; en 1886, Léon XIII le proclama saint patron des malades, des hôpitaux et des ordres hospitaliers.