Il naquit le 15 janvier 1811 à Castelnuovo d’Asti, dans le Piémont, dans une famille paysanne. D’une santé fragile, atteint d’une déformation de la colonne vertébrale, il était un enfant pieux et modèle. Appelé au sacerdoce dès son enfance, il ne tarda pas à commencer d’étudier la philosophie et la théologie à Turin et Chieri. A l’âge de 14 ans, il rencontra saint Jean Bosco, de 4 ans son cadet, dont il resterait l’ami toute sa vie.
Ordonné prêtre à Turin le 21 septembre 1833, il devint rapidement professeur et aumônier à l’Institut Saint-François d’Assise, voué à l’enseignement supérieur des prêtres ; il en fut nommé recteur en 1848. Il intégra aussi le Tiers-Ordre franciscain. Mais au-delà de cet attachement au poverello d’Assise, il était aussi disciple de saint François de Sales. D’une dévotion particulière au Saint Sacrement, il devint bientôt un confesseur renommé.
Austère et pieux, il se mortifiait quotidiennement. Théologien réputé, il s’attachait particulièrement à la bonne formation continue du clergé et s’opposa à l’esprit janséniste. Ne se reposant quasiment pas, il avait pour habitude de dire : « Notre repos sera au Ciel. » Il passait aussi beaucoup de son temps auprès des prisonniers et des condamnés à mort.
Joseph Cafasso mourut à Turin, d’une pneumonie, le 23 juin 1860. L’homélie de ses funérailles fut prononcée par saint Jean Bosco. Il fut canonisé le 22 juin 1947 par Pie XII qui, dans son exhortation apostolique Menti Nostrae, du 23 septembre 1950, dit de lui qu’« en des temps très difficiles, il fut le guide spirituel, sage et saint à la fois, de très nombreux prêtres qu’il fit progresser dans la vertu et dont il rendit merveilleusement fécond le saint ministère ».
Dans son audience générale du 30 juin 2010, Benoît XVI lança cet appel : « Chers frères et sœurs, que saint Joseph Cafasso soit un rappel pour tous à intensifier le chemin vers la perfection de la vie chrétienne, la sainteté ; il doit, en particulier, rappeler aux prêtres l’importance de consacrer du temps au sacrement de la réconciliation et à la direction spirituelle, et rappeler à tous l’attention que nous devons avoir envers ceux qui en ont le plus besoin. Que nous aide l’intercession de la Bienheureuse Vierge Marie, dont saint Joseph Cafasso était un grand dévot et qu’il appelait “notre chère Mère, notre réconfort, notre espérance”. »