Il naquit au château de Loyola, sans doute en 1491, dans une famille de petite noblesse. Son nom de baptême était Iñigo. En 1506, ayant perdu ses parents, il devint page à la cour du roi d’Aragon Ferdinand le Catholique. Il mena alors une vie de courtisan et d’aventurier. Il fut gravement blessé à la jambe lors du siège de Pampelune le 20 mai 1521 ; à l’issue de sa convalescence, sa jambe resta plus courte de plusieurs centimètres, ce qui le fit boiter toute sa vie.

Durant sa convalescence, il eut une vision de la Vierge Marie, et se convertit. Il voulut alors partir en pèlerinage pour expier ses fautes passées. C’est ainsi qu’en 1522, il quitta la maison familiale pour se rendre à Jérusalem. Il s’arrêta au monastère bénédictin de Montserrat, où il abandonna ses vêtements militaires et se revêtit d’une simple bure. Il vécut ensuite pendant quelques mois comme un simple moine et commence la rédaction de ses Exercices spirituels.

Le 20 mars 1523, il s’embarqua pour l’Italie, désirant toujours rejoindre la Terre Sainte. Après avoir reçu la bénédiction du pape Adrien VI, à Rome, il arriva à Jérusalem en septembre 1523, puis rentra à Barcelone en mars 1524. Il étudia ensuite les arts et la théologie, à Salamanque jusqu’en 1528, puis à Paris.

C’est dans la capitale française qu’avec quelques étudiants il fonda ce qui devait devenir la Compagnie de Jésus. Ces quelques hommes firent vœu de chasteté et de pauvreté, ainsi que de se rendre en pèlerinage à Jérusalem, à Montmartre le 15 août 1534.

Ignace partit ensuite en Espagne puis en Italie, où il fut rejoint par ses compagnons, à Venise, début 1537. Il y fut ordonné prêtre le 24 juin 1537. La guerre qui faisait rage en Orient l’empêcha de partir pour Jérusalem ; il se rendit donc à Rome pour se mettre à la disposition du pape Paul III. La compagnie de Jésus fut officiellement approuvée par le pape le 27 septembre 1540 par la bulle Regimini militantis ecclesiæ.

Le 22 avril 1541, Ignace fut élu supérieur des Jésuites. Il s’occupa alors de rédiger les constitutions de son ordre, et de l’étendre : en 1556, il comptait déjà plus de 1.000 membres. Il fut un très grand mystique, jouissant de dons de contemplation exceptionnels, et vécut pieusement et saintement à Rome jusqu’à sa mort, le 31 juillet 1556. Il fut canonisé par Grégoire XV le 12 mars 1622.