Fils d’un drapier, deuxième de onze enfants, il naquit à Ségovie le 25 juillet 1533. Enfant pieux, il fut préparé à la première communion en 1541 par saint Pierre Favre, l’un des premiers compagnons de saint Ignace de Loyola, qui était de passage pour une mission. A l’âge de 13 ans, il fut envoyé pour étudier à Alcala, mais fut rapidement rappelé par sa mère pour l’aider à s’occuper du commerce familial après la mort de son père.

En 1558, il épousa Maria Suarez, qui lui donna trois enfants ; ces derniers moururent pourtant tous en bas âge, et il perdit sa femme elle-même en 1567. Ces épreuves le poussèrent toujours plus à la prière et à l’abandon à Dieu, et il se rapprocha des Jésuites. Il finit par demander à être admis dans la Compagnie en 1568, ce qui lui fut au départ refusé car il était trop âgé. Deux ans plus tard, il demanda de nouveau à être admis, comme simple frère. Malgré un avis négatif, le provincial déclara : « Qu’il entre, nous le recevrons comme saint ! »

Après une période de noviciat de six mois effectuée à Valence, il fut envoyé au Collège Notre-Dame de Montesion à Palma de Majorque. Comme il ignorait le latin, puisque ses études avaient été interrompues très tôt, il fut employé à diverses tâches avant d’être nommé frère portier. D’une grande obéissance, il remplit cette tâche pendant plus de 30 ans avec un tel abandon qu’il faisait l’admiration de tous. Il rencontra notamment le jeune saint Pierre Claver en 1605 et, au cours de leurs entretiens, lui conseilla de se porter volontaire pour partir en mission au Nouveau Monde.

A partir de 1615, Alphonse Rodriguez, malade, ne quittait guère plus son lit que pour assister à la messe ; il mourut le 31 octobre 1617 à Palma de Majorque. C’est alors que fut découverte l’intensité de sa vie spirituelle, au travers de plusieurs cahiers manuscrits rédigés à la demande de ses supérieurs qui décrivent une grande vie mystique. Il fut canonisé par Léon XIII le 15 janvier 1888.