Elle naquit à Metz, le 23 avril 1736, dans une famille de quinze enfants, très modeste. Appelée à la vie religieuse, elle entra en 1757 chez les Filles de la Charité de saint Vincent de Paul. Ayant acquis une solide expérience dans le soin des malades, elle fut, en 1779, nommée première supérieure de l’hôpital Saint-Eutrope de Dax, que l’évêque de la ville venait de faire construire.

Entourée de cinq religieuses, Marguerite entreprit de faire construire la chapelle de l’hôpital. Elle portait toute son attention aux malades et aux miséreux, ainsi qu’aux enfants abandonnés, et ouvrit une école pour garçons.

En 1789 éclata la Révolution française. Après la Constitution civile du clergé, les sœurs, Marguerite en tête, refusèrent d’assister à la messe de leur nouvel aumônier, jureur. Toutefois, Mgr Saurine, l’évêque jureur de Dax, usa de son influence pour les maintenir. Elles purent donc continuer à œuvrer au service des malades et des blessés de guerre, sous le nom de dames de la Charité.

Le 3 octobre 1793, les sœurs refusèrent de prêter serment à la Constitution. Leur renvoi fut d’abord différé en raison des services qu’elles rendaient. Mais, le 24 décembre de la même année, Marguerite, accusée d’avoir « par son incivisme, cherché à corrompre et à ralentir l’esprit révolutionnaire et républicain », fut arrêtée et emprisonnée. « Jugée » par le tribunal révolutionnaire le 8 avril 1794, elle fut condamnée à mort et guillotinée dès le lendemain, 9 avril. Elle s’approcha de l’échafaud en chantant le Magnificat et repoussa le bourreau en disant qu’aucun homme ne l’avait jamais touchée.

Un an plus tard, les autorités civiles déclaraient : « La commune de Dax regrettera longtemps cette femme vertueuse qui, par caractère tenant à son opinion religieuse, a été inhumainement sacrifiée sur des motifs dont la preuve reste encore à acquérir. » Marguerite Rutan fut béatifiée le 19 juin 2011, après avoir été reconnue martyre en haine de la foi.